| 科名 | 種名 | 学名 | 生息地 |
| クマ科 | ヒグマ | Ursusu arctos | 森林・草原 |
| イヌ科 | キタキツネ | Vulpes vuipes schrencki | 草原・耕地 |
| エゾタヌキ | Nyctereutes precyonoides aibus | 森林 | |
| エゾオオカミ | Canis lupus hattai | (絶滅種) | |
| イタチ科 | クロテン | Martes zibellina | 森林 |
| オコジョ | Mustela erminea | 森林・山岳 | |
| イイヅナ | Mustela nivaris | 草原・耕地 | |
| ホンドイタチ | Mustela sibirica itatsi | 水辺・耕地(移入種) | |
| ミンク | Mustela vison | 水辺(移入種) | |
| カワウソ | Latra latra | (絶滅種) | |
| アシカ科 | トド | Eumetopias jubata | 沿岸 |
| オットセイ | Callorhinus ursinus | 沿岸 | |
| アザラシ科 | ゴマフアザラシ | Phoca largha | 沿岸 |
| ゼニガタアザラシ | Phoca kurilensis | 沿岸 | |
| フイリアザラシ | Pusa hispida | 沿岸 | |
| クラカケアザラシ | Histriophoca fasciata | 沿岸 | |
| アゴヒゲアザラシ | Erignathus barbatus | 沿岸 |
| 科名 | 種名 | 学名 | 生息地 |
| シカ科 | エゾシカ | Cervus nippon | 森林・草原 |
| 科名 | 種名 | 学名 | 生息地 |
| ウサギ科 | エゾユキウサギ | 森林・草原 |
| 科名 | 種名 | 学名 | 生息地 |
| リス科 | エゾリス | Sciurus vulgaris | 森林 |
| シマリス | Tamias sibiricus | 森林・高山 | |
| エゾモモンガ | Peteromys volans | 森林 | |
| ネズミ科 | エゾアカネズミ | Apodemus spesiosus ainu | 森林(広葉樹林) |
| カラフトアカネズミ | Apodemus peninsulae | 草原? | |
| ヒメネズミ | Apodemus argenteusu | 森林(針葉樹林) | |
| エゾヤチネズミ | Clethrionomys rutocanus bedfordae | 草原・人工林 | |
| ミカドネズミ | Clethrionomis rutilus mikado | 森林? | |
| ドブネズミ | Rattus norvegicus |
| 種名 | 学名 | 生息地 |
| オオアシトガリネズミ | Sorex unguiculatus | 草原・森林 |
| エゾトガリネズミ | Sorex caecutiens | 森林 |
| カラフトヒメトガリメズミ | Sorex gracillimus | 森林 |
| トウキョウトガリネズミ | Sorex minitissimus | ? |
| 種名 | 学名 | 生息地 |
| ヒメホオヒゲコウモリ | Myotis ikonnikovi | 森林 |
| ドーベントウコウモリ | Myotis daubentoni | 森林 |
| ウサギコウモリ | Plecotus auritus | 森林 |
| チチブコウモリ | Barbastella leucomelas | 森林 |
| コテングコウモリ | Murina usu iensis | 森林 |
| 種名 | 学名 | 分布量 |
| アカボウクジラ | Ziphius covirostris | 少ない |
| ツチクジラ | Berardius bairdi | 普通 |
| マイルカ | Delphhus delphis | 少ない |
| カマイルカ | Lagenorbynchus obliquidens | 多い |
| セミイルカ | Lissodelphis borealis | 少ない |
| バンドウイルカ | Tursiops gilli | 少ない |
| ネズミイルカ | Phocaena phocaena | 普通 |
| イシイルカ | Phocoenoides dalli | 多い |
| コビレゴンドウ | GlobicePhala macrorhymcha | 少ない |
| オキゴンドウ | Pseudorca crassidens | 少ない |
| シャチ | Orcinus orca | 普通 |
| 科名 | 種名 | 学名 | 生息域 |
| ヤツメウナギ科 | スナヤツメ | Lampetra planeri | 下流 |
| トゲウオ科 | トミヨ | Pungitius sinensis | 下流 |
| イトヨ | Gasterosteus aculeatus aculeatus | 下流 | |
| サケ科 | イトウ | Hucho perryi | 下流 |
| オショロコマ | Salvelinus malma | 山地渓流中流下流 | |
| アメマス | Salvelinus leucomaenis | 下流 | |
| サクラマス | Oncorhynchus masou | 中流下流 | |
| カラフトマス | Oncorhynchus gorbuscha | 下流 | |
| シロザケ | Oncorhynchus keta | 中流下流 | |
| ワカサギ科 | ワカサギ | Hypomesus trenspacificus nipponensis | 下流 |
| コイ科 | ウグイ | Tribnlodon hakonensis | 下流 |
| カジカ科 | エゾハナカジカ | Cottus amblystomopsis | 下流 |
| カンキョウカジカ | Cottus hangiongensis | 下流 | |
| ハゼ科 | ウキゴリ | Chaenogobius annularis | 下流 |
| アシシロハゼ | Aboma lactipes | 下流 | |
| カレイ科 | ヌマガレイ | Platichthys stellatus | 下流 |
| は虫類種名 | 両生類種名 |
| ニホンカナヘビ | エゾサンショウウオ |
| ニホントカゲ | エゾアカガエル |
| アオダイショウ | アマガエル |
| シマヘビ | |
| ジムグリ | |
| ニホンマムシ |